たったこれだけなんだけど、詰まってしまったのでメモする。 R を用いてマイクロアレイデータを解析したい場合、(Rで)マイクロアレイデータ解析 はかなり参考になる。しかし、このページは定期的に更新こそしているがまあまあ古いので、そのままでは動かない部分がある。今回は、CELファイルから発現量を取得する部分についてメモする。 1. ライブラリのインストール まず、必要なライブラリをインスト...

paper: https://openreview.net/forum?id=jevY-DtiZTR code: junxia97/Mole-BERT: [ICLR 2023] “Mole-BERT: Rethinking Pre-training Graph Neural Networks for Molecules” (github.com) ICLR2023の論文 Abstrac...

きっかけ 大学院の期末課題が, 講義を通じて興味を持った理論, モデル, 考えかたについて独自に調査してねっていうもので, 画像や表, プログラムを動かした結果等を含めるとなお良い とあったので, せっかくだし何か作りたいなあと思いました. 講義のテーマは情報学と医用工学の融合で, MRIとかも話題にはなります. 学部まで私は神経科学の研究室に在籍しており, 実験によって得られたMRI画...

この記事を受けて, pdfをtxtに変換したいと思ったのでPythonで作りました. つくったもの 前回の記事の段階で import PyPDF2 import argparse import os def extract_text_from_pdf(pdf_path): pdf_path = 'pdf/' + pdf_path with open(pdf...

きっかけ 論文読みの際に, 最近はChatGPTが便利です. 概要だけ知りたいときに Web Prompt というプラグインを用いてURLをChatGPTに投げると簡単に要約してくれたり1, 精読のときに対話形式で読み進めることが可能です. これをローカルファイルのPDFから直接読み取ってくれると便利なのですが2, そういう機能は現在は存在しないようです. なので Code Interp...

Chirpyを使っていると頻繁に出くわすのが --- layout: home # index page --- です. 手元の環境ではうまくビルドされるし, GitHub くんも「ちゃんとデプロイできましたよ!」 とばかりに緑のチェックマークを返してくるのですが, それでも --- layout: home # index page --- はやってきます. 実際にテーマ元の issue ...

環境 Windows 11 きっかけ 直接的なきっかけとしては, 博士に進学する先輩が, 学振の出願の際に自分のウェブサイトを持っていたほうがいいということを言っていたからというものです. http://www.rpd.titech.ac.jp/jsps_tokken/docs/tokyotech-ohue2022-pub.pdf 東工大の大上先生が公開しているこのスライドの...